La nueva comunidad jesuítica-guaraní se trasladó de lugar en 1610 a Yaguaracamygtá, dos leguas más cercanas al Tebicuary. En toda la comarca no se hallaba entonces otro sitio mejor en bosques, aguas y campos; y para dar principio al nuevo pueblo, el P. Lorenzana, con los caciques comarcanos que le acompañaban, enarboló en aquel sitio el sagrado madero de la cruz. Juntáronse al cabo de tiempo como treinta familias en el puesto nuevo de Yaguaracamygtá y con ellas se dio principio a la Reducción de San Ignacio.
En 1628, el pueblo de San Ignacio Guazú se mudó a otro sitio, llamado después Capilla del Santo Ángel, y se reubicó definitivamente hacia 1667 donde se encuentra el actual pueblo paraguayo de San Ignacio Guazú.
La plaza de San Ignacio Guazú era un cuadrado de 250 varas, y de 7 por 7 las habitaciones de los indios. La iglesia, consagrada el 26 de junio, era de tres naves separadas por pilares cuadrados de madera y su extensión, sin contar el presbiterio, era de 67 varas, y de 33 su anchura. La Capilla dedicada a Nuestra Señora de Loreto estaba al Este del Colegio.
Al tiempo de la expulsión de los jesuitas en 1768, San Ignacio Guazú contaba con una estancia que tenía 17.000 cabezas de ganado vacuno, 800 bueyes, 364 caballos, 464 yeguas de cría de mulas, 223 burros y 3.014 ovejas, más dos yerbales, uno rendía 700 arrobas y otro que daba 900, y cuatro algodonales con 80.000 plantas.
La Provincia Jesuítica del Paraguay se hizo famosa por los 32 Pueblos o Reducciones de guaraníes que llevaron a un "cristianismo feliz" según Ludovico Muratori, o al "Triunfo de la Humanidad" según Voltaire y fueron comparados a la República ideal de Platón por José Manuel Peramás.
San Ignacio Guazú es la primera reducción fundada en 1609 por los padres jesuitas Marcial de Lorenza y Francisco de San Martín, junto con
el cacique Arapyzandú. Se ubicã sobre una aldea antigua indígena llamada Yaguaracanitá. "Llegaron la víspera de Navidad a cierto sitio donde
tenía su asiento un cacique llamado Arapyzandú, que había conocido algún tanto a los jesuitas y se mostraba bien dispuesto para recibir
nuestra santa fe. Los indios de cacique rodearon con muestras de mucho amor a los Padres, y estos, en una pobrísima chozuela, armaron su
altar portátil y celebraron las misas de Navidad. Como indica el padre Lozano en su carta al padre provincial de fecha 4 de enero de 1610,
los padres llegaron a 12 leguas del río Paraná y fueron muy bien acogidos: "Estuvimos en Arapysandú tres o cuatro días y este tiempo nos
informamos de los indios y caciques comarcanos, que nos venían a visitar; que desde luego nos comenzó a visitar toda la tierra; como gente
que nos estaba esperando, a dónde podríamos poblar, que tuviese las cualidades necesarias para una buena población. Todos nos inclinamos a
este puesto, venimos a verlo y nos pareció muy bien; y lo que más nos inclinó fue el ver en él ya un pueblecillo con tanto mantenimiento y
un cacique de tan buenas entrañas.
A partir de esta fundación, la reducción fue trasladada dos veces de lugar, reubicándose definitivamente hacia 1670. "A los dos días del
sagrado evangelista San Juan, pasaron de la tierra de Arapysandú a la del cacique Abacatu, quien con todos sus vasallos los salió a recibir
lleno de gozo y dio tales señales de amor y benevolencia, que les inclinó a hacar alto en su pueblo, llamado Itaquy". Pero los inconvenientes
surgen para establecer definitivamente allí la reducción como la falta de agua.